Одна из главных функций заповедника "Кедровая падь" — охрана всего генетического разнообразия диких растений и животных. Основой этой охраны служит сохранение в первозданном виде естественной среды обитания — в первую очередь растительных сообществ. На территории заповедника растет 17 видов растений, включенных в Красную книгу СССР. Из деревьев — это береза Шмидта, калопанакс семилопастный и тис остроконечный, из кустарников — заманиха высокая и рододендрон Шлиппенбаха, из трав особый интерес представляют женьшень настоящий и представители семейства орхидных — башмачки крупноцветковый и настоящий, бородатка японская, пузатка высокая, пыльцеголовник длинноприцветниковыи и оригинальный папоротник из семейства многоножковых — пиррозия язычная. Только в заповеднике — "Кедровая падь" растет представитель семейства зонтичных — галосциаструм Тилинга.
Несколько десятков видов растений, встречающихся на территории заповедника, отнесено к редким видам растений российского Дальнего Востока. Из них в первую очередь следует отметить актинидии Джиральди, острую и полигамную, аралию материковую, аризему японскую, бузульник Воробьева, вейгелу раннюю, грушу уссурийскую, диоскорею ниппонскую, жирарди-нию остроконечную, кислицу обратнотреугольную, клен Комарова, лилии даурскую, двурядную, ложнотигровую, поникающую, лимонник китайский, лихнис сверкающий, мелкоплодник ольхолистный, пионы горный, молочноцветковый и обратнояйцевидный, рябчик уссурийский, симплокарпус
почколистный, сирень Вольфа, фиалки волосисточерешковую и Росса. Значительная часть этих видов является эндемами Восточной Азии, некоторые же из них, как бузульник Воробьева, клен Комарова, хохлатка уссурийская и фиалка дальневосточная, впервые были описаны на территории заповедника "Кедровая падь".
В заповеднике большое внимание должно быть обращено на выявление и картирование редких, реликтовых и эндемичных растений с учетом их современного жизненного состояния (особенности плодоношения и семеношения в различных условиях среды, характера семенного и вегетативного возобновления, устойчивости против грибных болезней и насекомых-вредителей, энергии роста и др.). По этим признакам можно выделить три группы реликтовых растений.
Первая группа — прогрессирующие реликты. Они хорошо биологически приспособились к условиям окружающей физико-географической среды, жизнестойкости, возобновляются естественным путем и легко вводятся в культуру, несмотря на древность, в их биоэкологических свойствах не обнаруживается несоответствия современной области распространения. К ним в заповеднике "Кедровая падь" относятся ясени маньчжурский и носолистный, ильмы японский и лопастный, пихта цельнолистная, кедр корейский, липы амурская и маньчжурская, все виды кленов, виноград амурский, леспедеца двухцветная, представители древнего семейства аралиевых — элеутерококк колючий и аралия маньчжурская, а также ряд видов хвощовых и папоротникообразных.
Вторая группа — реликты, которые в естественных условиях находятся в состоянии подвижного равновесия. При благоприятных условиях они вполне жизнестойки, хорошо возобновляются и прочно удерживают жизненные позиции в составе растительных сообществ. При резком изменении условий среды эти растения могут погибнуть. В заповеднике к этой группе относятся: орех маньчжурский, бархат амурский, береза Шмидта, лиственница Любарского, калопанакс семилопастный, мелкоплодник ольхолистный, граб седцелистный, акантопанакс сидячецветковый, чистоустовник коричный.
Третья группа — регрессирующие реликты. В современную эпоху эти растения сокращают свои ареалы в результате воздействия природных факторов и влияния хозяйственной деятельности человека. В заповеднике к этим видам следует отнести дуб зубчатый, рододендрон Шлиппенбаха, заманиху высокую, женьшень настоящий, аралию материковую.
Для сохранения растений второй и особенно уязвимой третьей группы должны быть разработаны специальные природоохранные мероприятия с учетом их биоэкологических свойств. Особое внимание должно быть уделено охране тех сообществ, в которых эти растения встречаются. В Международную красную книгу и в Красную книгу в основном включены реликтовые растения из второй и третьей групп, которые находятся под особой охраной государства.
В заповеднике "Кедровая падь" необходимо постоянно проводить исследования по выявлению генетического и фенотипического разнообразия растений (подвиды, разновидности, формы, расы) и образуемых ими популяций. Только в результате подобных детальных комплексных исследований можно выявить отдельные особи и популяции с ценными биоэкологическими свойствами (высокой жизненностью и энергией роста, долговечностью, урожайностью, конкурентоспособностью, биохимическим составом плодов и др.) и взять их на специальный учет. Это позволит организовать наиболее действенную охрану перспективных и ценных подвидов и разновидностей растений.
Например, в заповеднике встречаются разновидности ясеня маньчжурского, ильма японского и пихты цельнолистной, характеризующиеся высокой энергией роста и устойчивых к грибным болезням и энтомовредителям; актинидий острой и коломикта, винограда амурского — с повышенным содержанием Сахаров и аскорбиновой кислоты; декоративных растений — пионов, лилий, фиалок, орхидей, формы которых различаются размерами и окраской цветков и др.
Благодаря заповедному режиму сохранились теплолюбивые лиановые чернопихтово-широколиственные леса, девственных участков которых не осталось в сопредельных районах Восточной Азии. Значительная часть перечисленных реликтовых и эндемичных растений встречается (иногда в довольно большом количестве) в коренных лесных сообществах из пихты цельнолистной. Под их тенистым сумрачным пологом с выровненным микроклиматом находят наиболее благоприятные условия для роста и развития многие представители семейства аралиевых, в том числе женьшень. Как указывалось при характеристике растительности, в чернопихтарниках встречаются биогруппы этого растения (так называемые «семьи»), насчитывающие несколько десятков взрослых плодоносящих растений и большое количество жизнеспособного самосева.
Из редких растительных сообществ в заповеднике на горных склонах хорошо представлены древостой с преобладанием или значительным участием березы Шмидта, дуба зубчатого, тиса остроконечного, а в долинах горных рек — бархата амурского и ореха маньчжурского. Заповедный режим способствует не только сохранению, но и расширению площади, занимаемой этими ценными реликтовыми лесными группировками.
При совершенствовании мероприятий по охране генофонда и ценофонда заповедника необходимо учитывать типологическое разнообразие и динамику фитоценозов, что является непременным условием охраны генетического разнообразия, присущего данному участку земной поверхности, эталоном которой является заповедная территория. Требуется разработать разные способы охраны различных типов растительных сообществ, жизненных форм растений. Следует помнить, что охрана отдельного вида растений включает охрану отдельных его подвидов, разновидностей, форм, рас, генотипов и фенотипов.